Nel 1942, dopo l'uccisione del padre da parte dei nazisti, si trasferisce con la famiglia in Svizzera. Qui si dedica dapprima alla danza, lavorando tra il 1954-57 come primo ballerino allo Stadttheater di Berna, al teatro e alla poesia concreta e ideogrammica. Nel 1959 si trasferisce a Parigi, dove, entrato in contatto col movimento dell'arte cinetica, fonda la società MAT (Multiplication d'Art Transformable) per l'edizione di opere cinetiche e collabora all'organizzazione dell'esposizione "Bewogen Beweging" (Stedelijk Museum di Amsterdam, 1961), aiutato dall'amico scultore Tinguely. A Parigi, in seguito alla raccolta di oggetti quotidiani vecchi e ormai in disuso, Spoerri ha l'idea di fissarli su un supporto e di combinarli fra loro in un modo casuale. Tali composizioni, poi collocate in verticale, danno origine ai tableaux-pièges, dove gli oggetti sottoposti a un atto di ricontestualizzazione casuale ed impropria assumono una presenza insolita. Queste operazioni di recupero della banalità quotidiana suscitano l'interesse di Pierre Restany, che spinge Spoerri ad avvicinarsi alle ricerche del "Nouveau Réalisme", movimento a cui aderisce nel 1960 e nell'ambito del quale espone le sue prime situations d'objets. La riflessione sugli oggetti trovati viene sintetizzata nella Topographie anecdotée du hasard (1962), scritta in collaborazione con Filliou: una descrizione minuziosa delle cose presenti su un tavolo della sua camera, arricchita dalle storie che ciascuna di esse gli suggerisce. Spoerri applica tale riflessione in una serie di opere con cui si oppone anche alle tradizionali regole artistiche: Détrompe d'oeil (1963), dove gli oggetti quotidiani sono correlati a un improbabile contesto dipinto che ne stravolge l'identità, e le Pièges à mots (1964), in cui elabora dei montaggi che materializzano espressioni fatte, modi di dire. Questa volontà di disorganizzare le modalità tradizionali della percezione del reale lo spinge a superare la connotazione puramente visuale dei suoi tableaux-pièges, per coinvolgere anche il tatto, l'odorato, il gusto. Nel 1963 (anno in cui conosce George Maciunas ed entra a far parte del movimento "Fluxus") concretizza la sua ricerca in occasione dell'esposizione "723 ustensiles de cusine" che si tiene alla galleria parigina J, trasformata per alcuni giorni in un ristorante dove gli ospiti e gli artisti (serviti da noti critici d'arte) sono invitati a realizzare dei tableaux-pièges commestibili con i resti del loro pranzo. Il successo di questa esperienza è tale da spingere Spoerri ad aprire nel 1968 un ristorante a Düsseldorf. A partire del 1967, stabilitosi sull'isola greca di Sumi, comincia a considerare il carattere magico dell'oggetto trovato: realizza le Conserves de magie à la noix (oggetti archeologici), le Natures mortes (per le quali utilizza anche cadaveri di animali) e infine gli assemblaggi con i materiali più diversi, come i tritacarne o gli strumenti ortopedici, che vengono trasformati in idoli parodistici, alcuni dei quali fusi anche in bronzo. Buona parte della sua opera è ora conservata nella Fondazione "Il giardino di Daniel Spoerri" presso Seggiano (Grosseto), inaugurato nel 1998. Attualmente vive e lavora  in Svizzera.